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Nature等18篇论文改写我们对基因组的理解
浏览次数:63 时间:2016-10-10

                                  Nature等18篇论文改写我们对基因组的理解

                                                              Nature:首个人类基因表达全图谱问世

FANTOM 计划全称为“哺乳动物基因组功能注释”(Functional Annotation of the Mammalian genome),是由日本理化学研究所(RIKEN,理研)在 2000 年启动的大型多国协作计划,其目标利用最先进的 cDNA 技术,建立完整的人类基因文库。

现在,该计划发布了首个人类基因活动的全图谱,首次从全局的角度揭示了人体内不同细胞中,调控基因表达的复杂网络。这一发现将有助于鉴定与疾病相关的基因,并为个性化医疗和再生医疗的发展提供帮助。这些研究改变了我们对人类基因组的理解,人类基因组中包含有许多遗传指令,用以构建和维持人体内多种不同的细胞类型。所有的细胞都含有相同的DNA指令,但基因在不同的细胞和不同的时间里被开启和关闭的情况不同。

相关研究论文(总共 18 篇)分别发表在《自然》杂志( 2篇)和其它 10 本学术期刊(16 篇)上。其中《自然》杂志上发表的具有里程碑意义的两篇论文展示了人类基因组中启动子和增强子(DNA 上两种可以调控基因活性的短片段)图谱,以及二者在不同细胞和组织中的活性。

第一篇论文利用 FANTOM 5 项目组的组织和原代细胞样本来定义整个人体中活性的、在活体中双向转录的增强子的一个图集。这些作者发现双向封盖的 RNA 是活性增强子的一个特征,同时他们还从超过800个人类细胞和组织样本中识别出 40, 000 多个增强子候选物。该增强子图集被用来比较不同细胞类型之间的调控程序和识别与疾病相关的调控性SNP,并且还将成为关于细胞类型特定性增强子的研究工作的一个资源。

在第二篇论文中,单分子测序被用来标绘人类和小鼠的转录起始点及它们在一组截然不同的、用于生成迄今最全面哺乳动物基因表达图集的人类和小鼠原代细胞、细胞系和组织中的应用。这些数据为了解涉及不同细胞类型的“开放读框”和启动子提供了大量信息,也为哺乳动物细胞类型特定性转录组提供了有价值的注解。


                                                                      FANTOM 计划重要论文回顾

此次的 FANTOM 5 计划( FANTOM 计划的第五阶段)旨在揭示人类基因组如何编码组成人体的不同细胞。共有来自全球 20 个国家和地区、分属于 114 个科研机构的超过 250 名生物细胞学和生物信息学领域的专家参与。利用 RIKEN 研发的具有极高灵敏度的基因表达加帽分析(Cap Analysis of Gene Expression CAGE )技术,研究人员检测了 180 种人体主要细胞中,启动子和增强子的活性。他们总共鉴定出了 18 万个启动子和 4.4 万个增强子,并发现它们中的大部分具有高度细胞类型特异性。

FANTOM 5 计划的协调人 Alistair Forrest 博士解释道:“人类是一个高度复杂的多细胞有机体,包含了至少 400 种不同的细胞类型。这种美丽的细胞类型多样性赋予了我们看、听、思考、运动和抵御感染的能力,而这一切都源自一个相同的基因组。细胞之所以有不同类型,原因是基因的差异化表达。在 FANTOM 5 计划中,我们第一次系统地研究了基因组中的调控序列,以及人体不同细胞中基因是如何表达的。”

不同于其他的大规模基因组计划, FANTOM 5 专注于鉴定人类正常初代细胞而不是癌细胞系中的基因表达。对此 Forrest 表示:“在 FANTOM 5 计划实施初期,我们就确定了要把研究重心放在正常初代细胞和组织上。尽管在细胞系上进行操作要容易得多,但是它们毕竟和正常细胞差距较大。”

通过可以检测到活跃基因 CAGE 技术,研究取得了一个突破性的发现:研究团队鉴定出了在不同细胞中普遍存在的可以调控基因活性的DNA片段,这就是增强子。增强子计划的协调人 Albin Sandelin 教授认为:“和其他方法相比, CAGE 技术具有更高的特异性,并且可以用于小量的细胞样品。 CAGE 的这些特点具有很大潜力,因为它为分析病人组织样品并在分子水平上确定病因提供了可能。”



                                                                 FANTOM 计划成员合影

FANTOM 计划总干事山崎良英(Yoshihide Hayashizaki)博士表示:“我们计划的终极目标就是要回答这个问题——基因组里写着什么? FANTOM 5 计划中建立的在细胞精度上的基因文库对于操纵细胞具有重要意义。这个文库是生物科学领域众多相关技术发展的重要资源。”他还补充道:“组学是一门对组成有机体的分子进行研究和绘制系统图谱的学科,正在不断涌现出意义深远的新发现。然而生命本身还有很多谜团。我们还需要继续钻研细胞类型多样性背后隐藏的基本分子机制,这样才能更深入地理解生命科学,继而带动医学的进步。”

原文检索:

Robin Andersson, Claudia Gebhard, Irene Miguel-Escalada, Ilka Hoof, Jette Bornholdt, Mette Boyd, Yun Chen, Xiaobei Zhao, Christian Schmidl, Takahiro Suzuki, Evgenia Ntini, Erik Arner, Eivind Valen, Kang Li, Lucia Schwarzfischer, Dagmar Glatz, Johanna Raithel, Berit Lilje, Nicolas Rapin, Frederik Otzen Bagger, Mette Jørgensen, Peter Refsing Andersen, Nicolas Bertin, Owen Rackham, A. Maxwell Burroughs, J. Kenneth Baillie, Yuri Ishizu, Yuri Shimizu, Erina Furuhata, Shiori Maeda, Yutaka Negishi, Christopher J. Mungall, Terrence F. Meehan, Timo Lassmann, Masayoshi Itoh, Hideya Kawaji, Naoto Kondo, Jun Kawai, Andreas Lennartsson, Carsten O. Daub, Peter Heutink, David A. Hume, Torben Heick Jensen, Harukazu Suzuki, Yoshihide Hayashizaki, Ferenc Müller, The FANTOM Consortium, Alistair R. R. Forrest, Piero Carninci, Michael Rehli& Albin Sandelin. An atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature, 26 March 2014; doi:10.1038/nature12787

The FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT). A promoter-level mammalian expression atlas. Nature, 26 March 2014; doi:10.1038/nature13182

资料来源:http://www.bio360.net/news/show/9555.html#rd

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